プロジェクションを目で実際に見た場合と撮影した場合で違いはありますか?

大きく違います。撮影した映像は人の目でみるよりも立体感が増しますし非常に明るく写ります。カメラの設定によってはCG合成と見分けが付かなくなってしまいますので、その点を考慮しプロジェクションの特徴を活かした演出とカメラワークが必要です。